Will man in einer Aplication Page, die im _layouts Verzeichnis in SharePoint liegt eine fixe MasterPage verpassen, so kann man das indem man folgenden Eintrag in der @Page Direktive einbaut:
MasterPageFile="~/_layouts/v4.master"
Der folgende Wert wurde in meinem Fall ersetzt:
DynamicMasterPageFile="~masterurl/default.master"